Damit Schwarzkümmel mehrere Monate haltbar bleibt empfiehlt es sich, wie bei den meisten Gewürzen, die Samen kühl, dunkel und trocken verpackt zu lagern.
Etwas mehr aufpassen muss man beim Schwarzkümmelöl, denn dieses ist wesentlich empfindlicher, vor allem wenn es kaltgepresst ist. Nach dem Öffnen sollte es innerhalb von 2 bis 3 Monaten verbraucht werden. Außerdem muss es im Kühlschrank oder an einem recht kühlen Ort am besten luftdicht gelagert werden.
Da die Haltbarkeit relativ kurz ist, bietet es sich an, nur kleine Flaschen des Schwarzkümmelöls zu kaufen.