Schwarzkümmel kann in der Küche vielfältig verwendet werden. Allerdings sollte man nur die Samen und das Öl nutzen, denn die restlichen Bestandteile sind leicht giftig.
Wer gerne nach Rezepten arabischer, indischer oder russischer Küche kocht, wird Schwarzkümmel dort auch häufig finden. Die Samen schmecken pfeffrig, leicht bitter und angenehm scharf. Verwendet werden die Samen entweder pur oder gemörsert für Gemüse- wie auch für Fleischgerichte. In der türkischen Küche werden Schwarzkümmelsamen oft mit Sesam kombiniert. In Europa werden Gemüsepfannen mit Kohl, Paprika, Auberginen, Zucchini und Bohnen mit Schwarzkümmel gewürzt. Auch zu Fleischgerichten mit Lamm oder Hühnchen passt Schwarzkümmel hervorragend, wohingegen die Verwendung bei deftigen Fleischsorten wie Schwein oder Rind weniger empfohlen wird. Schwarzkümmel harmoniert auch sehr gut in Kombination mit Fenchelsamen und Anis.